A nátrium-hipoklorit fertőtlenítési elve alapvetően három szempontot foglal magában:
Hipoklórsav hidrolízissel képződik, a hipoklórsav pedig tovább bomlik, és új ökológiai oxigén keletkezik. Az új ökológiai oxigén erős oxidáló tulajdonsága denaturálja az anyagokat, például a fehérjéket a baktériumokon és vírusokon, ezáltal elpusztítja a patogén mikroorganizmusokat.
A hipoklórsav behatolhat a baktériumokba (vírusokba), és reakcióba léphet szerves polimerekkel, például bakteriális (vírusos) fehérjékkel, nukleinsavakkal és enzimekkel, ezáltal elpusztítja a patogén mikroorganizmusokat.
A hipoklórsav által termelt kloridionok jelentősen megváltoztathatják a baktériumok és vírusok ozmotikus nyomását, aminek következtében sejtjeik elveszítik aktivitásukat és elpusztulnak.