Fontos a medence FilterBalls rendszeres tisztítása, nehogy eltömődjenek és hatástalanok legyenek. A medence méretétől és a használat mennyiségétől függően előfordulhat, hogy hetente egyszer vagy havonta egyszer meg kell tisztítania a FilterBall-okat. A FilterBalls tisztításához egyszerűen vegye ki őket a szűrőből, és öblítse le egy tömlővel.
Az alaposabb tisztítás érdekében egy vödör szappanos vízbe is áztathatja őket. Ügyeljen arra, hogy teljesen öblítse le a szappant, mielőtt visszatenné a golyókat a szűrőbe.