A szennyvízben a káros anyagokon kívül számtalan baktérium és vírus található. Ezért a klóros fertőtlenítést széles körben alkalmazzák a vízben lévő baktériumok és vírusok elpusztítására a csapvíz és a szennyvíztisztító telepek elfolyó szakaszában.
Az ipari keringető hűtővíz kezelésénél klórt is alkalmaznak az algák sterilizálására és eltávolítására. A hűtővíz keringtetése során a víz egy részének elpárolgása miatt a vízben lévő tápanyagok koncentrálódnak, a baktériumok és egyéb mikroorganizmusok nagy mennyiségben szaporodnak és könnyen nyálkaszennyeződést képeznek. A túl sok iszapszennyeződés csőelzáródáshoz és korrózióhoz vezet.
A klórozás során általában klórt fecskendeznek vízbe, hogy megöljék a baktériumokat és más mikroorganizmusokat, általában palackozott klórban.
A baktériumölő hatás megőrzése érdekében a visszamaradó klórt mindig {{0}},5 ~ 1mg/L értéken kell tartani a kibocsátott vízben, a vízellátó hálózat végén pedig 0 0,05 ~ 0,1 mg/L.